Kao jedinstvena institucija u Republici s osnovnim zadatkom da sačuva i unapredi nacionalna prirodna dobra, Zavod svoju delatnost ostvaruje kroz sektor zaštite prirode, sektor za istraživačko-razvojnu delatnost i sektor opštih poslova u okviru kojih je šest odeljenja i sedam odseka.

Zavod je član nekoliko najznačajnijih međunarodnih organizacija za zaštitu prirode: Svetske unije za zaštitu prirode (The World Conservation Union – IUCN), Federacije parkova Evrope (Europarc Federation) i Evropske asocijacije za konzervaciju geološkog nasleđa (The European Association for the Conservation of the Geological Heritage – ProGEO). Naročito se uspostavlja i razvija saradnja sa državnim, stručnim, i drugim organizacijama i institucijama u regionu, kao što su zavodi za zaštitu prirode u Sloveniji, Hrvatskoj, Crnoj Gori, organizacije za zaštitu prirode u Republici Srpskoj, Makedoniji, itd.