Као јединствена институција у Републици с основним задатком да сачува и унапреди национална природна добра, Завод своју делатност остварује кроз сектор заштите природе, сектор за истраживачко-развојну делатност и сектор општих послова у оквиру којих је шест одељења и седам одсека.

Завод је члан неколико најзначајнијих међународних организација за заштиту природе: Светске уније за заштиту природе (The World Conservation Union – IUCN), Федерације паркова Европе (Europarc Federation) и Европске асоцијације за конзервацију геолошког наслеђа (The European Association for the Conservation of the Geological Heritage – ProGEO). Нарочито се успоставља и развија сарадња са државним, стручним, и другим организацијама и институцијама у региону, као што су заводи за заштиту природе у Словенији, Хрватској, Црној Гори, организације за заштиту природе у Републици Српској, Македонији, итд.
Координација међународне сарадње:Тијана Јевтовић, стручни сарадник Завода
Ова адреса ел.поште заштићена је од спам напада, треба омогућити ЈаваСкрипт да бисте је видели